作为个人知识库使用，DokuWiki 相对 PmWiki 的优点有以下几点：
两者都是纯文本存储的，但 PmWiki 的最终存储文件中含有许多怪异的格式代码，不易转换成普通文本，而 DokuWiki 则完全以 wiki 源代码的文本存储，我甚至可以直接把文本文件扔进网站后台中的 page 目录，DokuWiki 就能自动识别他们并建立索引。(尽管看起来很酷，这样做却是不安全的，维护维基内容时应该尽可能使用网页界面而不是直接到后台增删文件，否则会找来意想不到的麻烦)
在 DokuWiki 中可以在任何一个页面点击索引按钮，按命名空间浏览站内全部条目，在 PmWiki 中必须通过搜索 '/' 才能实现类似的效果。
相对于 PmWiki，DokuWiki 的语法更为简单易记实用，其可视化编辑器也比 PmWiki 美观大方很多，这些小的因素对提高编辑效率有很多帮助。
DokuWiki 自动生成条目标题的功能非常好，它会将条目中的第一个初号标题作为整个页面的标题，不但反映在浏览器标题栏中，也反映在引用链接中，就是说你在其它页面引用 [[entry name]] 它会显示成目标页面的标题，在 PmWiki 中则不行，必须将条目标题设定为中文才可实现，而那样的标题在浏览器地址栏里就是一坨垃圾。
DokuWiki 的搜索功能明显优于 PmWiki，它是有索引的检索，不像 PmWiki 那样是一般全文搜索，查找信息方便很多。而且它的搜索结果列表中提供了条目摘要和关键词高亮，这在 PmWiki 中是需要安装特别的插件才能实现的，我尝试过一些自定义工作作，非常繁琐，只有作罢。
DokuWiki 可根据源代码中的标题结构自动生成页内目录和反向链接，像 wikipedia 一样，而 PmWiki 中默认不提供这些功能。
DokuWiki 的用户和权限管理对于个人维基知识库用户而言绝对比 PmWiki 高效，后者的权限管理用噩梦来形容并不为过。
DokuWiki 的插件系统比 PmWiki 更高效，在管理界面下即可下载和安装插件。各种系统配置工作如美化的 url 和功能限制等选项都可以在管理后台完成，免去了手工修改配置文件的繁琐过程。
无法想象深入使用过 DokuWiki 后的我如何还能想出 PmWiki 的好处，不过 PmWiki毕竟是更有传统的 wiki 程序吧，后人也是在它的基础上做改进的，我只能说 PmWiki的设计者付出的劳动是有价值的。但是，我还是得出一个结论，要想用得爽，个人维基程序还是得首选 DokuWiki。